En pleno cruce de Shibuya, un chico descubre que es capaz de escuchar los pensamientos de la gente que le rodea. Sin saber por qué está allí sin nada más que una misteriosa insignia negra con una calavera, Neku Sakuraba es descubierto rápidamente por una chica que exige hacer un pacto con él, explicándole que lo requiere para no ser “borrado” por unas criaturas maliciosas conocidas como el “Ruido”. Tras formar el pacto, la misteriosa chica derrota al Ruido y se presenta como Shiki Misaki, junto con su peluche Nyan-tan.
Shiki le explica que ambos deben unir sus fuerzas durante los próximos siete días, ya que forman parte del “Juego del Shinigami”. Muy a su pesar, Neku acepta a regañadientes, ya que un muro invisible le impide salir de Shibuya. El dúo no sólo tendrá que protegerse del Ruido usando “psíquicos”, habilidades obtenidas de las insignias, sino que también se les exige que superen Misiones diarias dadas bajo ciertos límites de tiempo.
A medida que va superando una tras otra las misiones aparentemente innecesarias, Neku se pregunta cuál es la verdadera naturaleza del Juego del Shinigami. ()