El año es U.C. 0105. Han pasado doce años desde el final de la segunda Guerra Neo Zeon (Rebelión de Char). Incluso después del “Choque del Eje”, que parecía indicar el futuro de la humanidad y el Siglo Universal, el mundo sigue en una situación caótica en la que siguen estallando conflictos militares intermitentes. El gobierno de la Federación de la Tierra es más corrupto que nunca y su liderazgo no sólo ha acelerado la contaminación de la Tierra, sino que también ha implementado una política inhumana de “caza de hombres” en la que los civiles son exiliados por la fuerza al espacio exterior.
La organización gubernamental anti-Federación “Mafty”, dirigida por alguien llamado “Mafty Navue Erin”, ha adoptado una postura contra la corrupción de la Esfera Terrestre. Mafty lleva a cabo feroces actos de terrorismo, asesinando uno tras otro a altos funcionarios del gobierno de la Federación, pero obtiene un cierto nivel de apoyo de la población, que se opone cada vez más al gobierno de la Federación.
La persona que se hace llamar “Mafty” y lidera esta organización es Hathaway Noa, el hijo de Bright Noa, un oficial de las Fuerzas de la Federación de la Tierra que una vez participó en la Guerra de un Año. El propio Hathaway se unió a las fuerzas que intentaban detener la rebelión de Char. Con conocimiento de primera mano de los ideales e ideologías de Amuro Ray y Char Aznable, se ha convertido en un guerrero que sigue sus pasos y planea abrirse camino a través de la resistencia armada. Su destino, sin embargo, cambia drásticamente cuando se encuentra con el oficial de las Fuerzas de la Federación Kenneth Sleg y una joven y misteriosa belleza llamada Gigi Andalucía.
