Rune Balot es una prostituta adolescente en horas bajas de Mardock City. Un día, la recoge un ambicioso gerente de casino llamado Shell, que le da todo lo que podría desear. Renovada por una falsa inocencia, un falso pasado y ahora la falsa vida que Shell le ha dado, Balot se siente agradecida. Sin embargo, no puede evitar sentir curiosidad por saber por qué ha hecho tanto por ella, así que investiga sobre su pasado en un ordenador. Esto resulta ser un error que cambiará enormemente su vida. Cuando Shell descubre lo que ha hecho, intenta quemarla hasta la muerte haciendo explotar su coche.
Debido al alto índice de criminalidad en Mardock, una nueva ley llamada “Scramble 09” ha dado carta blanca a la policía para tomar medidas extremas e ilegales para revivir a los testigos de un crimen. Con esta idea en mente, permiten a un profesor resucitar a Balot del borde de la muerte reensamblando todo su cuerpo con fibra sintética reforzada. Cuando por fin despierta, su confuso estado mental se transforma en venganza al revelarse Shell como su asesino.
