Mitsuha Miyamizu, una chica de instituto, anhela vivir la vida de un chico en la bulliciosa ciudad de Tokio, un sueño que contrasta fuertemente con su vida actual en el campo. Mientras tanto, en la ciudad, Taki Tachibana lleva una vida ajetreada como estudiante de instituto mientras compagina su trabajo a tiempo parcial con sus esperanzas de un futuro en la arquitectura.
Un día, Mitsuha se despierta en una habitación que no es la suya y de repente se encuentra viviendo la vida de sus sueños en Tokio, ¡pero en el cuerpo de Taki! En otro lugar, Taki se encuentra viviendo la vida de Mitsuha en el humilde campo. En busca de una respuesta a este extraño fenómeno, comienzan a buscarse el uno al otro.
Kimi no Na wa. gira en torno a las acciones de Mitsuha y Taki, que comienzan a tener un impacto dramático en la vida de cada uno, tejiéndolas en un tejido unido por el destino y las circunstancias.