La repentina invasión aérea de la Tierra por <Aliens> y sus creaciones <Machine Lifeforms> llevó a la humanidad al borde de la extinción. El número superviviente de los seres humanos que se refugiaron en la luna para organizar un contraataque utilizando <android> soldados para recuperar la Tierra. Sin embargo, la guerra llega a un punto muerto ya que las <Machine Lifeforms> continúan multiplicándose infinitamente. A su vez, la humanidad despliega una nueva unidad de soldados androides como arma definitiva: YoRHa.
Recién enviados a la Tierra 2B se unen a 9S, el analista actualmente destinado allí, donde en medio de su misión, se encuentran con una miríada de fenómenos misteriosos…
Esta es la historia de estos <androides> sin vida y su interminable lucha por el bien de la humanidad.